Kirken blev indviet af Biskop Herluf Eriksen den 6.maj 1990. Samtidig blev Skelager Sogn udskilt som selvstændigt sogn med eget menighedsråd. Kirken er tegnet af arkitektfirmaet Friis & Moltke med Vejlby Menighedsråd som bygherre. En del af inspirationen til byggeriet er hentet i moderkirken, Vejlby Kirke, som er en lille romansk kirke. Det var menighedsrådet som bygherre magtpåliggende, at den nye kirke føjede sig til den tradition, vi siden middelalderen har haft for at bygge kirker i Danmark, samtidig med at den skulle afspejle sin egen tid. Den romanske bue er overført til Skelager Kirke i porten under tårnet og i vinduesåbningerne, men desuden først og fremmest inde i kirken, hvor korbue og apsis forholder sig asymmetrisk til hinanden.

Det siges, at koret i romanske kirker altid forholder sig en smule skævt til skibet, angiveligt for at trolden fra indgangen ikke skal kunne ramme altret med en sten. Altret i Skelager står imidlertid lige ud for processionsgangen, så det er ikke legendens asymmetri, man har opnået, men snarere et værn mod harmoniens troldeværk.

Den markante adskillelse mellem skib og kor sammen med buen, som er kalket i varm okker, etablerer et helligt rum for enden af processionsgangen. Bænkene er placeret vendt mod koret, så menigheden har samme retning. Alter, prædikestol og døbefont er muret fast i gulvet som et udtryk for, at det er gudstjenesten med dåb, nadver og forkyndelse, der konstituerer kirken. De er dekoreret med borter af keramiske fliser i gule, grønne og blå farver. Samme farver er der i klinkegulvet i midtergangen. Kunstneren Emil Gregersen har medvirket ved farvesætningen, som gentages i orglets udsmykning. Lysindtaget er indirekte, både i skib og kor.

Klokketårn, kirke og sognegård ligger placeret omkring en gårdsplads, som afsluttes af murværk med bueåbninger som et sydlandsk klosteranlæg. Murværket er hvidkalket og tag og døre af kobber. Klokketårnet, hvor der er ophængt to klokker, danner indgangen til gårdspladsen.