Endnu i 1970erne var der mark, hvor Skelager Sogn nu ligger. Jorden blev dyrket fra de to gårde, Skejbygård og Ladefogedgård. I første omgang var markerne blevet opkøbt af G.A.L.Thorsen, som derefter solgte dem videre til Århus Kommune. Der var byplanmæssig fornuft i, at det areal, som lå øst for Randersvej og skrånede ned mod Egå-dalen, blev udlagt som boligområde. En helt ny bydel, bestående at tæt lavt byggeri skulle brede sig mellem Vejlby og Skejby. I løbet af 80-erne skød de første forblæste byggerier op langs Skelagervej, og ned mod Skejbyvej lagde andre sig mere lunt tilrette. I 1989 stod både Skejbycentret og Lokalcentret færdigt.

En lokalplan fra 1979 forudså primært et indkøbscenter placeret midt i den kommende bebyggelse, men antydede dog ud over arealer udlagt til sociale og kulturelle institutioner også muligheden af en fremtidig kirke. Sognegrænserne mellem Vejlby, Skejby og Christians sogne gik midt igennem marken, og hvis man bevarede dem, ville disse sogne vokse voldsomt og opsplitningen ville samtidig forhindre, at den nye bydel fik sin egen lokale identitet.  Et ”mageskifte” måtte altså til, men i praksis lod det sig kun realisere ved, at hele området i første omgang blev tillagt et af sognene, for at dets menighedsråd kunne stå som bygherre for et kommende kirkebyggeri med henblik på en senere sogneudskillelse. Det blev Vejlby Menighedsråd, som allerede i 70erne havde stået for opførelsen af Ellevang Kirke og udskillelse af Ellevang Sogn, der fik opgaven. Således er der nuværende beboere i Skelager Sogn, som, selv om de hele tiden har boet i samme lejlighed, gennem årene har boet i tre sogne, nemlig Skejby, Vejlby og Skelager.

Repræsentanter fra lokalområdet blev ekstraordinært indvalgt i Vejlby Menighedsråd, og planerne begyndte at tage form. Som i forbindelse med Ellevang Kirke blev det overdraget arkitektfirmaet Friis og Moltke at forestå den arkitektoniske udformning af den kommende kirke, og i 1986 fremlagdes den første skitse til ”Kirken ved Skelagervej” i Vejlby Menighedsråd. Den 30.september 1987 godkendte menighedsrådet det endelige skitseprojekt, og derefter begyndte tingene at gå hurtigt. Den 17.juni 1988 erhvervedes grunden til kirken og den senere præstebolig, den 12.september afholdtes der licitation, og allerede den 20.oktober samme år påbegyndtes byggeriet. Efter en navnekonkurrence udskrevet i lokalområdet, stod det fast at den kommende kirkes navn ville blive Skelager Kirke i overensstemmelse med traditionen om områdets placering på skellet mellem Århus by og oplandet. En del historikere mener, at det dige, som blev opkastet efter Margrethe I’s ridt omkring byen, og som Margrethe-stenen i Riis Skov vidner om, netop har ligget i vores sogn. Her gik skellet mellem kirkens jord og borgernes bymark. Det var også begrundelsen for at navngive den centrale gade Skelagervej.

Den 6.maj 1990, 3.søndag efter påske, indviedes kirken af biskop Herluf Eriksen under festlige former. Samtidig skete den officielle oprettelse af Skelager Sogn, og Jakob Schow-Madsen blev indsat som kirkens første sognepræst. En måneds tid efter afholdtees der ekstraordinært menighedsrådsvalg, og sognet fik sit eget menighedsråd.

I 1990 boede der ca. 3.000 mennesker i Skelager Sogn. Efter en kort stagnationsperiode i begyndelsen af 90erne tog byggeriet igen fart, nu på Skejby Mark nord for Skejbygårdsvej. Der blev bygget institutioner og kollegier. I 2010 er sognet nu fuldt udbygget og har et indbyggertal på omkring 5.500.